Endokrinologický ústav je státní příspěvkovou organizací v přímé řídící působnosti Ministerstva zdravotnictví České republiky. Je právním nástupcem Výzkumného ústavu endokrinologického, zřízeného výnosem Ministerstva zdravotnictví ČSR ze dne 14. prosince 1956.
EÚ má mezi zdravotnickými zařízeními specifické postavení, kde jedinečným způsobem kloubí vysoce specializovanou diagnosticko-léčebnou péči spolu s výzkumnou a pedagogickou činností.