Základním dokumentem ČLS JEP jsou Stanovy České lékařské společnosti J. E. Purkyně (ČLS JEP). ČLS JEP je dobrovolné nezávislé sdružení fyzických osob – lékařů, farmaceutů a ostatních pracovníků ve zdravotnictví a příbuzných oborech, případně osob právnických. ČLS JEP je právnickou osobou s působností na území České republiky, se sídlem v Praze. V současné době jsou v platnosti Stanovy, přijaté na sjezdu delegátů ČLS JEP dne 20.11.1996 rozhodnutím Ministerstva vnitra ČR č.j. VSP/1–2727/90-R dne 18.12.1996.
ČLS JEP dbá o rozvoj a rozšiřování vědecky podložených poznatků lékařských věd a příbuzných oborů, usiluje o jejich využívání v péči o zdraví občanů se zvláštním důrazem na preventivní činnost podílí se na zvyšování úrovně odborných znalostí svých členů v oblasti lékařských věd a příbuzných oborů a na šíření zdravotnické osvěty mezi občany podporuje vědecko výzkumnou činnost v oblasti zdravotnictví, napomáhá ve vytváření podmínek pro seznamování odborné i laické veřejnosti s jejími výsledky a zasazuje se o jejich uplatňování v praxi všestranně se podílí na řešení otázek týkajících se řízení, organizace i vlastní realizace diagnostických postupů, léčebné a preventivní péče a činností souvisejících vytváří podmínky pro výměnu informací a rozvoj všech forem spolupráce mezi svými členy i organizacemi a institucemi obdobného zaměření v ČR i v zahraničí všestranně podporuje činnost odborných společností, spolků lékařů a dalších sdružení pracovníků ve zdravotnictví a příbuzných oborech dbá na dodržování etických zásad při výkonu zdravotnického povolání dbá na užívání pouze takových diagnostických, preventivních a léčebných způsobů, jejichž povaha a účinek jsou v současnosti uznávanými vědeckými důkazy.
Své aktivity realizuje zejména pořádání edukačních akcí (tuzemských i s mezinárodní účastí). Poskytuje odbornou poradenskou a expertizní činnost. Prostřednictvím delegovaných zástupců se účastní výběrových, konkurzních, atestačních, akreditačních aj. řízení, participuje se na činnosti poradních orgánů a institucí na různých úrovních, zabývajících se problematikou zdravotnictví. Odbornou veřejnost informuje zejména vydáváním odborných časopisů (s různou periodicitou) i (nepravidelným) vydáváním dalších odborných publikací. ČLS JEP může provádět vedlejší hospodářskou činnost i zakládat obchodní či jiné společnosti, případně se podílet na jejich činnosti.
Organizační složky ČLS JEP tvoří odborné společnosti, vytvářené na oborově profesním základě a spolky lékařů, vytvářené na regionálním principu. Organizační složky ČLS JEP jsou ve své odborné činnosti autonomní a nesou za její výkon plnou odpovědnost. Organizační složky ČLS JEP mohou se dále vnitřně členit a vytvářet nižší organizační jednotky (např. sekce).. Organizační složky si mohou vypracovat vlastní stanovy a další interní předpisy, které nesmí být v rozporu se základními dokumenty ČLS JEP. Hospodaří se svěřeným majetkem v souladu se základními dokumenty ČLS JEP. Předpisy organizačních složek musí být schváleny předsednictvem ČLS JEP, musí být registrovány a archivovány sekretariátem ČLS JEP. Předpisy nabývají platnosti nejdříve dnem schválení předsednictvem ČLS JEP. Orgány organizačních složek tvoří: shromáždění členů, které je nejvyšším orgánem; svolává je výbor dle potřeby, nejméně jedenkrát za 4 roky; volí a odvolává výbor a revizní komisi organizační složky výbor, který má min. 3 členy revizní komise, která má min. 3 členy.
Orgány ČLS JEP tvoří sjezd delegátů, který je nejvyšším orgánem ČLS JEP; svolává je předsednictvo dle potřeby, nejméně jedenkrát za 4 roky; delegáti volí předsednictvo a revizní komisi shromáždění představitelů organizačních složek, které se schází mezi sjezdy předsednictvo; je statutárním orgánem; má min. 15 členů revizní komisi; má min. 5 členů.
Členství v ČLS JEP může být řádné a čestné. Řádným členem ČLS JEP se může stát lékař, farmaceut, případně jiný pracovník ve zdravotnictví a příbuzném oboru, který souhlasí s posláním a cíli ČLS JEP a zaváže se přispívat k jejich plnění. Řádným členem ČLS JEP se může stát též nezisková právnická osoba obdobného zaměření jako ČLS JEP. Řádným členem ČLS JEP je každý řádný člen některé z jejích organizačních složek. Množství organizačních složek, jichž může být členem, není omezeno. Členem ČLS JEP může být občan ČR i cizinec. Čestným členem ČLS JEP nebo její organizační složky se může stát osoba, která má mimořádné zásluhy o rozvoj lékařské vědy a zdravotnictví, případně o rozvoj ČLS JEP nebo její organizační složky.
Hospodaření a správa majetku. ČLS JEP si samostatně spravuje svůj majetek, který je určen k plnění úkolů vyplývajících ze Stanov ČLS JEP a hospodaří podle ročního rozpočtu. Hospodaření ČLS JEP a jejích organizačních složek se řídí obecně závaznými právními i účetními předpisy, rozpracovanými do Zásad a Směrnic ČLS JEP, vydávanými předsednictvem ČLS JEP.